肿瘤微环境研究经常会遇到一个问题单细胞测序可以发现细胞群转录组可以提出通路假设但真正的微环境关系发生在组织里。Cancer Cell这篇肢端黑色素瘤研究中APOE/CD163巨噬细胞就是一个很好的例子。研究者通过scRNA-seq识别出多类巨噬细胞亚群并观察到APOE/CD163巨噬细胞与C3亚型、EMT样肿瘤状态和较差研究结局相关。接下来研究需要回答的不是“有没有这个细胞群”而是“它在组织中是否靠近EMT样肿瘤区域”。如果只看单细胞测序APOE/CD163巨噬细胞可以被清晰定义但细胞解离过程会丢失空间位置。空间转录组可以进一步提示这些巨噬细胞与EMT样肿瘤区域在组织中的共现关系但它主要描述的是转录层面表达。对于CD163、APOE、Melan-A、E-cadherin、N-cadherin、IGF1、IGF1R等蛋白标志物研究者仍然需要一个能够同时观察多种蛋白并保留组织结构的方法。这就是PCFCODEX在该研究中承担的角色。文献中的22-plex PCFCODEX将肿瘤细胞、上皮结构、巨噬细胞、T细胞、B细胞、树突细胞和关键功能蛋白放在同一张切片中分析。通过这种方法研究者可以在C3样样本和非C3样样本之间比较EMT区域和APOE/CD163巨噬细胞的空间分布也可以在同一患者样本中比较EMT高区域和EMT低区域的差异。PCFCODEX的优势不是“找到所有基因”而是对候选细胞和候选状态做组织原位蛋白层观察。对于肿瘤微环境课题PCFCODEX可以重点回答四类问题。第一细胞身份问题例如巨噬细胞是否同时表达APOE和CD163。第二功能状态问题例如肿瘤细胞是否呈现EMT相关蛋白特征。第三空间邻域问题例如APOE/CD163巨噬细胞是否靠近EMT样肿瘤细胞。第四组织区域问题例如不同肿瘤区域、附属器结构或侵袭边界中是否存在不同蛋白表达模式。相比单一标志物IHCPCFCODEX更适合把这些信息整合在同一张组织图像中。因此当单细胞测序和空间转录组已经提出候选机制后PCFCODEX可以帮助研究者把细胞群、蛋白标志物、功能状态和空间关系放回组织切片中。对于APOE/CD163巨噬细胞这类具有明确蛋白标志物和空间互作假设的研究对象PCFCODEX具有非常直接的科研分析价值也更容易与后续IHC验证、病理区域观察和转化研究衔接。【本文说明】本文仅为科研技术方法介绍不涉及疾病诊断、治疗建议、疗效预测、用药指导或临床决策。文中提及研究发现均来自学术文献相关分析结果需结合更多实验和研究进一步观察与复核不构成任何医疗意见。【参考文献】Liu H, Gao J, Feng M, et al. Integrative molecular and spatial analysis reveals evolutionary dynamics and tumor-immune interplay of in situ and invasive acral melanoma.Cancer Cell. 2024;42(6):1067-1085.e11. doi:10.1016/j.ccell.2024.04.012