作者Evil Genius今天我们来更新一个小的内容pymol实现虚拟单点突变。研究生的时候课题是酶的突变那个时候课题组这个方向没什么厉害的人都是在用最原始的方法易错PCR进行大海捞针式的突变筛选。我师姐的课题是蛋白结晶就是用X射线解析蛋白结构过程也是相当波折。到如今不断地对分子对接/分子动力学的学习也明白了盲目的筛选并不可取必须在背景充分了解的基础上进行大量的计算借助工具进行分析缩小选择范围然后进行实验验证。今天借助pymol弥补一下当初瞎搞的自己。第一步无论是做单细胞空间还是分子对接分子动力学我们要充分了解课题背景这里就是要充分了解我们蛋白质的原始结构活性中心在哪而且大家对氨基酸的基本性质要有充分的了解有空回去翻一翻生物化学这本书。第二步借助pymol实现一下虚拟突变我们打开一个蛋白结构文件。突出我们想要突变的氨基酸41位的His,就是和化合物形成Π-Π共轭的活性氨基酸。我们调整一下视图方便观察突变后的结构。然后我们开始突变Wizard--Mutagenesis--protein。然后让我们选择一个突变的氨基酸。可以在鼠标上点这个残基或者在序列上选中。然后No Mutation换成大家想要突变成的氨基酸。下面的state有多种大家可以点击选择位阻最小的然后点击apply就会替换掉原来的氨基酸。分析一下和底物的相互作用并没有更多的作用力。然后慢慢调试选择可以形成更多作用力的氨基酸实验验证即可。生活很好有你更好。